第七十一章督師薊遼——孫承宗
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第七十一章 督師薊遼——孫承宗
孫承宗，字稚繩，號愷陽，北直隸保定高陽人，祖籍河南湯陰，明末愛國將領。曾為明熹宗朱由校的老師，而後替代王在晉為薊遼督師，修築寧錦二百裏防線，統領軍隊十一萬，功勳卓著，遭到魏忠賢的妒忌，辭官回鄉。皇太極包圍京都時，朱由檢急召孫承宗，運籌帷幄，擊退後金。又遭到朝中大臣彈劾，孫承宗再次辭官回鄉，在家高陽縣住七年，累官至兵部尚書、太傅等。清軍大舉進攻，孫承宗領家人守衛高陽，城破被擒，自縊而死，他的五個兒子、六個孫子、兩個侄子、八個侄孫都戰死，獲南明追贈太師，謚號“文忠”。
孫承宗，相貌奇偉，胡須張開像戟一樣，聲音渾厚，曾先後在大理寺右丞姜壁和兵備道房守士等朝廷官員的家中，做家庭教師。後來，因房守士升任大同巡撫，孫承宗隨行。大同是當時明朝的邊城重鎮，承宗邊境教書時，對軍事有著濃厚興趣，喜歡和邊關老兵和低級軍官交談，詢問一些關於邊關防務的問題，慢慢的對邊關的軍務有所了解。
張差手執木棍，闖進太子住的慈慶宮，打傷守門太監，被抓住後自稱是受鄭貴妃指使，是為梃擊案，朝中大臣懷疑是鄭貴妃想謀害太子，但明神宗與太子都不願深究，以瘋癲奸徒罪將張差處死。大學士吳道南詢問孫承宗這事該怎麽處理，孫承宗說：“這件事關系到東宮，不能放任不理，但是又涉及到後宮，不能追查的太徹底。龐保、劉成以下的小人物要追查到底，龐保、劉成上面的人物牽扯太多，應當適可而止。”吳道南於是按孫承宗所說的去做，將此事平息了下來。孫承宗主持應天鄉試，因為試題上寫了孫承宗的語錄，而遭到黨人的忌恨，黨人試圖利用官員每三年一次的考核將孫承宗逐出京師，學士劉一燝力保孫承宗，孫承宗得以豁免。
明熹宗朱由校即位，孫承宗以左庶子充當日講官，官升少詹事。後金進攻遼東，沈陽、遼陽先後被攻陷，遼東經略袁應泰自殺，禦史方震孺奏請熹宗朱由校，以孫承宗代替崔景榮為兵部尚書，朝中大臣也認為孫承宗知曉兵事，推舉孫承宗為兵部添設侍郎，主持遼東防務，但明熹宗不想讓孫承宗離開講席，二次上疏都不被同意，提拔為禮部右侍郎，協助管理詹事府。
後金進逼廣寧衛，王化貞棄城逃跑，熊廷弼跟他一起進入關內，兵部尚書張鶴鳴害怕獲罪，外出巡視邊防。熹宗對東邊的戰局也很著急，一些人再次推薦講官孫承宗主持軍政，熹宗下令會推，在右中允周延儒力主之下，明熹宗任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士，入閣辦事。過了幾天，命令他以閣臣身份掌管兵部事務，孫承宗上疏請求重視武將，並奏上安撫西部、救濟遼陽的難民、檢查京師部隊、增設永平大帥、修築薊鎮的道路、開辟京東地區的屯田等對策。熹宗高興地采納了。這時邊防多次告急，內閣大臣只希望暫時相安無事，而議論卻一天比一天紛擾起來。孫承宗於是參劾熊廷弼、給事中明時舉、禦史李達、遼東巡撫方震孺、登萊監軍梁之垣、薊州兵備邵可立等人，諸人皆受處分，而那些仇視他、怨恨孫承宗的人也很多。
熊廷弼被罷免後，朝廷以王在晉為遼東經略，王在晉上任後打算襲取廣寧，但總督王象乾認為就算能攻取廣寧，但也不容易守住，還不如重守山海關防衛京都。於是，王在晉在山海關外八裏鋪修築重關，留四萬人馬去守。山海關監軍袁崇煥認為王在晉此舉不是好的策略，與王在晉爭辯無果後，上書首輔葉向高。葉向高卻認為不能憑主觀猜測，孫承宗請求親自前往遼東決斷，熹宗非常高興，加封孫承宗為太子太保，並賞賜蟒袍、玉帶、銀幣等。
孫承宗到達山海關後，巡行邊塞，袁崇煥向孫承宗請示道：“在寧遠駐紮五千兵力，以壯十三山的聲勢，然後派遣將領帶兵去救援十三山。寧遠距離十三山只有兩百裏，可以輕易占據錦州，如果不行再退守寧遠，怎麽能放棄十萬難民？”孫承宗與總督王象乾商議，王象乾認為駐紮關上的軍隊剛剛打了敗仗，士氣沮喪，不如調動插部護關的軍隊三千人前往寧遠，孫承宗同意後一方面調兵前往寧遠，一方面去救難民，救援失敗，十萬難民只救回六千人。
孫承宗對此詢問王在晉：“新城修築好以後，是不是要將舊城的兵馬移四萬人來駐守？”王在晉說：“應該另外設立一支四萬人的軍隊。”孫承宗說：“這樣一來，八裏鋪就有八萬兵了，可是一片石西北不派兵駐守嗎？在八裏鋪內修築重關，新城後面就是舊城，舊城前面埋的地雷是用來對付敵人的，還是用來對付自己新兵的？新城可以守的話，還用得著舊城嗎？新城要是不能守，四萬守兵倒戈，你是打算開關放敵人進來，還是閉關投降敵人？”王在晉說：“關外有三道關可以進入。”
孫承宗說：“如果這樣的話，敵人兵臨城下，士兵像先前那樣逃跑，哪裏還用得上重關？”王在晉說：“準備在山上建三座營寨，防止士兵潰逃。”孫承宗說：“士兵沒有潰敗就修築營寨等待他們，你這是在教士兵逃跑嗎？況且逃跑的士兵可以進來，敵人也可以尾隨他們進來。你現在不為恢覆做打算，卻在這閉關自守，把關外防線全部撤離，還天天在朝廷爭鬥，京都以東還有安寧之日嗎？”王在晉無話可說。孫承宗召集諸將商議關外防守的問題，袁崇煥主張守寧遠，閻鳴泰主張守覺華島，王在晉主張守中前所。孫承宗采用袁崇煥的建議，並親自鎮守關門，而後明熹宗在孫承宗的建議下，罷免了王在晉的遼東經略之職。
孫承宗自請為督師，還讓薊、遼等原來的將領監管各處，見機行事時不必受到其他人的限制。孫承宗用閻鳴泰為遼東巡撫，又用鹿善繼、王則古為讚畫，並請求從國庫帶走八十萬錢。熹宗同意，命他以原官督理關城及薊、遼、天津、登、萊各處事務，親自將孫承宗送出宮門，並賜給孫承宗尚方寶劍、坐蟒等，內閣大臣將孫承宗直送到崇文門外。
孫承宗上任後，讓江應詔制定軍事編制，讓袁崇煥建造營房，李秉誠訓練火器裝備，鹿善繼、王則古處理軍需物資，沈棨、杜應芳維修甲仗，孫元化修築炮臺，宋獻、程侖購買軍馬，萬有孚采伐樹木，祖大壽輔助金冠守覺華島，陳諫助趙率教守前屯，魯之甲拯救難民，楊應乾招募遼人編制成軍隊。
孫承宗發現先前關上的士兵沒有紀律，而且有大量的不符合條件的人冒領軍餉，於是閱兵後，將河南、真定等地不符合條件的士兵全部遣回。將魯之甲所拯救出的難民征召七千人出來去駐守前屯，楊應乾招募的遼人軍隊去鎮守寧遠，請求朝鮮聲援遼東，又犒賞東江鎮的毛文龍，讓他四面防衛。並傳令給沈有容進據廣鹿島。而後江應詔被彈劾，孫承宗請求讓馬世龍代替，並讓尤世祿、王世欽為南北帥，聽馬世龍調遣，熹宗聽從孫承宗的建議，並賜給馬世龍尚方寶劍。
登萊巡撫袁可立與孫承宗同為殿試同考官，孫承宗將遼海防務委之於袁可立，十分倚重，他說道：“讀後先大疏，皎皎揭日月，行中天而底裏洞徹，殊令人可味，可展布四體，仰酬國恩”。朝廷有人重山海輕沿海，甚至有人請求裁撤登萊巡撫，但孫承宗認為“恢遼全著，必資於海。”請求“皇上敕該部分部兩鎮汛地，酌給登鎮（沈有容）兵丁，敕登萊撫臣（袁可立）用心料理，仍令節制兩鎮，凡一應兵馬錢糧、徵收調遣、防剿功罪盡歸經理。”
熹宗經常派東廠的人到關門，然後將邊關的事情上報給朝廷，魏忠賢掌權後派遣自己的黨羽劉朝、胡良輔、紀用等四十五人帶著數萬武器裝備來到關門，供給邊關軍隊，又用白金十萬，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等銀幣賞賜將士，賜給孫承宗蟒服、白金等，表面上是慰勞軍隊，實際上是窺探軍情。孫承宗出關巡視寧遠，聽到這個消息立刻上書給熹宗，說不能讓宦官監軍，但熹宗卻回覆說這沒什麽，使者到邊關後，孫承宗只用茶水招待。
孫承宗推薦閻鳴泰當遼東巡撫以後，認為他沒有實際才能，所以軍事上的事很多都不跟他商議，閻鳴泰因此感到不高興，朝廷議論後，將閻鳴泰罷免，用張鳳翼接替，但張鳳翼膽小，又主張退守山海關。孫承宗對此感到不高興，出關巡視寧遠，召集眾將開會，多數將領都想退守山海關，馬世龍建議守中後所，袁崇煥等主張守寧遠。孫承宗采用袁崇煥的主張，於是讓祖大壽修建防禦工事，令袁崇煥、滿桂駐守寧遠。
孫承宗擔心自己的權利受到限制，上書說督師和總督不能同時設立，請求將自己罷免。熹宗於是終止總督的推選，令遼東巡撫移駐寧遠，張鳳翼覺得這是置自己於死地，與萬有孚等詆毀馬世龍。沒過多久，萬有孚被薊州巡撫岳和聲彈劾，張鳳翼於是稱馬世龍和袁崇煥陷害，捏造謊話欺瞞朝廷，試圖阻撓出關的計劃。給事中解學龍也大力陳說馬世龍的罪過，孫承宗非常生氣，上書說邊關的防守策略，說寧遠、覺華不能放棄，並為馬世龍辯解，又揭發萬有孚與張鳳翼等勾結的罪狀。
寧遠城修覆，關外的守備器械也已建造完畢，孫承宗上書請求發軍餉二十四萬，這樣就可以大舉進攻了，但兵部和工部卻橫加阻撓，向熹宗說不能給錢，孫承宗上書催促無果，孫承宗大軍因此沒有出征。
孫承宗坐鎮遼東的四年，與天津巡撫李邦華、登萊巡撫袁可立遙相呼應，“關門息警，中朝宴然，不覆以邊事為慮矣。”在這樣相對安定的大背景下，按照戰功來衡量，似乎孫承宗有些碌碌無為。然當時的兵部尚書王永光對孫承宗積極防禦的一番作為作過很中肯的評價：“兵家有雲，善戰者，無赫赫之功！”
兩年下來，孫閣老和袁軍門一直沒有發動大戰役的機會，而發動戰略總反攻把後金趕出去的機會又不成熟。但反過來說，孫閣老在無形中為朝廷省下了許多軍費，確保了山海關安然無恙，使明朝有了更多的機會養精蓄銳，充分顯示了天朝的不戰之威。”首輔孔貞運評價道：“公久歷海上，凡地形險易，軍儲盈縮，將吏能否，虜情向背皆洞若燭照，故登萊終公（袁可立）之任銷鋒臥鼓。”這也從另一方面肯定了孫承宗和袁可立積極防禦之功。令人惋惜的是，正當孫、袁二公積數年之力準備大有作為組織大反攻之時，閹黨已全面掌控局勢，逼迫袁可立和孫承宗先後去職。
孫承宗與袁可立是很好的搭檔，但從後來柳河之役的失敗來看，袁可立的離任對孫承宗的軍事行動有很大的影響。從戰爭結果看，袁可立的實戰能力更強，在登萊缺糧少援的弱勢狀態下，竟然能在數月內組合優勢兵力縱橫海上，戰線綿延上千裏，調度兩鎮兵馬多次奇兵突襲，以反間計策反後金女婿劉愛塔，連克金、覆、蓋三衛及旅順、紅嘴、望海、永寧等多堡要地，使後金數年間蜷縮一隅無以西窺。袁可立的登萊戰區竟然成為了明清戰爭史上唯一主動出擊叫戰的正面戰場，袁可立離任不久，孫承宗也因為柳河之敗離職了。
此時，魏忠賢企圖攬權，見到孫承宗功勞非常高，想要攀附，派劉應坤向孫承宗表明自己的意思，但孫承宗見到劉應坤之後與他一句話也不說，魏忠賢因此記恨孫承宗。魏忠賢迫害朝中大臣，將楊漣、趙南星、高攀龍等驅逐出京，孫承宗正在巡視薊州一帶，想到上反對奏書皇上未必會親自閱覽，以賀壽為由請求入朝面奏，借機彈劾魏忠賢。魏廣微聽說後，將這個消息告訴了魏忠賢，說孫承宗打算以清君側為由殺掉魏忠賢，魏忠賢跑到熹宗床前，哭著求情，顧秉謙也說沒有聖旨私自離開防守的地方，不合法度。
熹宗連夜召見兵部尚書，派三人騎快馬阻止孫承宗，魏忠賢又假傳聖旨給九門的宦官，若孫承宗到了齊化門，就將他綁了。孫承宗到達通州後，接到熹宗的旨意，只好返回遼東，魏忠賢又讓黨羽李蕃、崔呈秀、徐大化上書詆毀孫承宗，孫承宗請求罷官。
給事中郭興治請求朝中大臣討論孫承宗的去留問題，很多人都彈劾孫承宗說他冒領軍餉，而吏部尚書崔景榮支持孫承宗，熹宗下詔讓孫承宗繼續督師遼東，卻讓孫承宗精兵簡將，減少軍餉。而孫承宗剛剛派遣諸將分別駐守錦州、大小淩河、松山、杏山、石屯等地，擴張二百裏，將尤世祿、李秉誠等將罷免，裁剪軍隊一萬七千人，節省開支六十八萬。孫承宗利用自己穩紮穩打的策略逐漸向前推進，努爾哈赤懾於孫承宗的威力，竟然舍棄了新都城遼陽，北遷首都於沈陽。
這時，有人懷疑孫承宗的堡壘戰術過於勞民傷財，不可久持。兵科給事中李魯生言：“從古征戰未有陳師境上數年不進者，亦未有去敵既遠虛設十餘萬之眾坐食自困者，有之則守戍之眾而非進取之旅也。戰守機宜專決於外，臣何敢遙度。但戰則有戰法，秣馬厲兵，簡卒克乘，刻期舉事，即有大費，可期永省。守則有守法，遠斥堠，固營壘，高城深池，屯田積谷，以待事會。兵不須眾，馬不須多，庶堪持久。今以十四萬之眾，歲費六百萬，雖言唯敵是求，其實百事不辦，戰固未能，守亦羞稱，虛糜自弊而不虞其後，臣所為中夜仿徨，當食廢著也。樞輔當審時度勢，知彼量己。可戰則用戰法，可守則用守法。”
馬世龍誤信降人降將劉伯漒，派魯之甲、李承先襲取耀州，中計身死，損失四百餘人，是為柳河之役。魏忠賢黨羽趁機彈劾馬世龍和孫承宗，孫承宗強烈請求辭官，熹宗同意孫承宗辭官，並給孫承宗加特進光祿大夫，兒子世襲中書舍人，又賞賜蟒服、銀幣等，並派人保護孫承宗回家，而讓兵部尚書高第為遼東經略。沒過多久，喻安性也罷官，熹宗於是不再設立巡撫。
高第上任後，將兩百裏守兵全部撤回，退守山海關，而努爾哈赤得知孫承宗辭職後，率軍大舉進攻。袁崇煥抗拒高第的命令，不肯撤出寧遠城，與滿桂、祖大壽等依靠昔日與孫承宗做的軍事準備將後金軍擊退，取得寧遠大捷。而高第卻試圖以寧遠被圍，關門兵只有五萬的理由來彈劾孫承宗，孫承宗告訴戶部說：“高第到山海關時領了十一萬七千人的軍餉，現在只給五萬人的軍餉就可以了。”於是高第以妄言被治罪，魏忠賢也想陷害孫承宗，但也失敗。
孫承宗督師遼東四年，前後修覆九座大城，四十五座堡壘，招練兵馬十一萬，建立十二個車營、五個水營、兩個火器營，八個前鋒後勁營，制造甲胄、軍用器械、弓矢、炮石等打仗用的裝備有幾百萬，開疆擴土四百裏，屯田五千頃，年收入十五萬。熹宗記孫承宗大功，讓他的兒子世襲錦衣衛千戶。
朱由校駕崩，其弟明思宗朱由檢即位，王在晉得以入朝為兵部尚書。王在晉對孫承宗痛恨不已，堅持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞，敗壞了邊關事，又唆使諫官等交口詆毀孫承宗，來阻止他出來做官，極力詆毀孫承宗以及馬世龍，阻攔孫承宗的出仕。
後金大舉進攻，從大安口直取遵化，快要直逼都城，朝中大臣奏請朱由檢應該召來孫承宗。於是，朱由檢下詔仍以孫承宗原來的官職兼任兵部尚書去駐守通州，孫承宗入宮後，朱由檢在平臺召見，問孫承宗的退敵策略，孫承宗說：“我聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是防守的好策略。但又聽說尤世威回昌平，侯世祿駐守通州，有些不合時宜。”朱由檢問：“你打算守三河是什麽意思？”孫承宗說：“守三河可以阻止敵人西奔，遏制敵人南下。”朱由檢覺得孫承宗的計策很好，又問：“那又要怎麽保衛京都。”孫承宗說：“在危急的時刻，不能讓守城人忍受饑餓寒冷，整備好軍備，犒勞將士們，鞏固人心。”
孫承宗的計策朱由檢都覺得很好，對孫承宗說：“你可以不去通州，就在京城總督內外軍務，運籌帷幄。”於是，孫承宗讓首輔韓爌修築關防，又親自到都城各處巡防，第二天半夜，朱由檢突然傳旨讓孫承宗去守通州。孫承宗領二十七名騎兵出東便門，直奔通州，與保定巡撫解經傳、禦史方大任、總兵楊國棟固守通州。不久之後，後金軍繞道直逼京都，孫承宗派遣尤岱率領三千騎兵支援，派遣劉國柱率領二千兵馬與尤岱回合，調三千密雲兵駐守東直門，五千保定兵駐守廣寧門，又派人收覆馬蘭、三屯二城。
袁崇煥因一系列罪行被下獄，將領祖大壽在城外與後金軍作戰時，被自家軍隊用炮石砸擊，祖大壽進退兩難，與副將何可綱率領五千人往東潰走。孫承宗得知後，急忙派遣賈登科帶著自己的書信去撫慰祖大壽，又派石柱國撫慰其它將士，祖大壽卻不為所動。但孫承宗也認為袁崇煥有罪，但仍然上書朱由檢，力保祖大壽，說祖大壽不會真的反叛。孫承宗又派人讓祖大壽上奏章說明自己為什麽往東潰逃，祖大壽於是向皇帝朱由檢上書，朱由檢非常高興，不怪罪祖大壽。而遼東將士大多馬世龍部曲，朱由檢命孫承宗移鎮關門，潰逃的將領聽聞孫承宗與馬世龍到來，才安心回歸。
後金占據遵化、永平、遷安，又分兵攻取撫寧，撫寧是祖可法在守，後金軍攻取不下，又轉攻山海關，又攻不下，後金軍又攻撫寧及昌黎，可還是攻不下。而孫承宗撫慰潰軍，祖大壽等重歸於麾下，又有馬世龍及四方援軍，孫承宗又招募大量死士沿海守衛直達京師。
京都戒嚴後，全國各地來勤王的士兵多達二十萬，在薊門及京畿一帶駐紮，馬世龍建議孫承宗先收覆遵化，但孫承宗認為遵化在北，容易攻取卻很難守，不如收覆灤州。計劃好後，孫承宗令東西各營一起進兵，祖大壽、尤世祿等攻克灤州，王維城等攻克遷安，孫承宗占據永平，謝尚政攻克遵化，後金軍潰敗而走。皇帝朱由檢加封孫承宗為太傅，再賜蟒服、金幣等，子孫世襲錦衣衛指揮僉事。
孫承宗巡視松山、錦州等，上書朱由檢關內外政事，朱由檢全部采納，又加孫承宗太傅，兼領尚書的封路，子孫世襲尚寶司丞，又賞賜蟒服錢幣等。因先前高第盡撤寧錦防線，右屯、大淩河等城被毀，孫承宗派人對其進行重新修築，後金軍卻突然來圍攻，孫承宗趕赴錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援，而遼東巡撫邱禾嘉多次改變出師的日期，導致吳襄、宋偉在長山被後金軍打敗。祖大壽投降，大淩河剛被修好就被損毀，朝中大臣於是責怪孫承宗修覆舊城導致失敗，喪師辱國，孫承宗以病請辭，而後回家鄉高陽居住。
清軍大舉進攻，進攻高陽，賦閑在家的孫承宗率全城軍民守城，城破被擒，自縊而死，他的五個兒子，六個孫子，兩個侄子，八個侄孫戰死，孫家百餘人遇難，孫承宗時年七十六歲，朱由檢聞訊後哀傷悲嘆，命有關官員從優撫恤。
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孫承宗，字稚繩，號愷陽，北直隸保定高陽人，祖籍河南湯陰，明末愛國將領。曾為明熹宗朱由校的老師，而後替代王在晉為薊遼督師，修築寧錦二百裏防線，統領軍隊十一萬，功勳卓著，遭到魏忠賢的妒忌，辭官回鄉。皇太極包圍京都時，朱由檢急召孫承宗，運籌帷幄，擊退後金。又遭到朝中大臣彈劾，孫承宗再次辭官回鄉，在家高陽縣住七年，累官至兵部尚書、太傅等。清軍大舉進攻，孫承宗領家人守衛高陽，城破被擒，自縊而死，他的五個兒子、六個孫子、兩個侄子、八個侄孫都戰死，獲南明追贈太師，謚號“文忠”。
孫承宗，相貌奇偉，胡須張開像戟一樣，聲音渾厚，曾先後在大理寺右丞姜壁和兵備道房守士等朝廷官員的家中，做家庭教師。後來，因房守士升任大同巡撫，孫承宗隨行。大同是當時明朝的邊城重鎮，承宗邊境教書時，對軍事有著濃厚興趣，喜歡和邊關老兵和低級軍官交談，詢問一些關於邊關防務的問題，慢慢的對邊關的軍務有所了解。
張差手執木棍，闖進太子住的慈慶宮，打傷守門太監，被抓住後自稱是受鄭貴妃指使，是為梃擊案，朝中大臣懷疑是鄭貴妃想謀害太子，但明神宗與太子都不願深究，以瘋癲奸徒罪將張差處死。大學士吳道南詢問孫承宗這事該怎麽處理，孫承宗說：“這件事關系到東宮，不能放任不理，但是又涉及到後宮，不能追查的太徹底。龐保、劉成以下的小人物要追查到底，龐保、劉成上面的人物牽扯太多，應當適可而止。”吳道南於是按孫承宗所說的去做，將此事平息了下來。孫承宗主持應天鄉試，因為試題上寫了孫承宗的語錄，而遭到黨人的忌恨，黨人試圖利用官員每三年一次的考核將孫承宗逐出京師，學士劉一燝力保孫承宗，孫承宗得以豁免。
明熹宗朱由校即位，孫承宗以左庶子充當日講官，官升少詹事。後金進攻遼東，沈陽、遼陽先後被攻陷，遼東經略袁應泰自殺，禦史方震孺奏請熹宗朱由校，以孫承宗代替崔景榮為兵部尚書，朝中大臣也認為孫承宗知曉兵事，推舉孫承宗為兵部添設侍郎，主持遼東防務，但明熹宗不想讓孫承宗離開講席，二次上疏都不被同意，提拔為禮部右侍郎，協助管理詹事府。
後金進逼廣寧衛，王化貞棄城逃跑，熊廷弼跟他一起進入關內，兵部尚書張鶴鳴害怕獲罪，外出巡視邊防。熹宗對東邊的戰局也很著急，一些人再次推薦講官孫承宗主持軍政，熹宗下令會推，在右中允周延儒力主之下，明熹宗任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士，入閣辦事。過了幾天，命令他以閣臣身份掌管兵部事務，孫承宗上疏請求重視武將，並奏上安撫西部、救濟遼陽的難民、檢查京師部隊、增設永平大帥、修築薊鎮的道路、開辟京東地區的屯田等對策。熹宗高興地采納了。這時邊防多次告急，內閣大臣只希望暫時相安無事，而議論卻一天比一天紛擾起來。孫承宗於是參劾熊廷弼、給事中明時舉、禦史李達、遼東巡撫方震孺、登萊監軍梁之垣、薊州兵備邵可立等人，諸人皆受處分，而那些仇視他、怨恨孫承宗的人也很多。
熊廷弼被罷免後，朝廷以王在晉為遼東經略，王在晉上任後打算襲取廣寧，但總督王象乾認為就算能攻取廣寧，但也不容易守住，還不如重守山海關防衛京都。於是，王在晉在山海關外八裏鋪修築重關，留四萬人馬去守。山海關監軍袁崇煥認為王在晉此舉不是好的策略，與王在晉爭辯無果後，上書首輔葉向高。葉向高卻認為不能憑主觀猜測，孫承宗請求親自前往遼東決斷，熹宗非常高興，加封孫承宗為太子太保，並賞賜蟒袍、玉帶、銀幣等。
孫承宗到達山海關後，巡行邊塞，袁崇煥向孫承宗請示道：“在寧遠駐紮五千兵力，以壯十三山的聲勢，然後派遣將領帶兵去救援十三山。寧遠距離十三山只有兩百裏，可以輕易占據錦州，如果不行再退守寧遠，怎麽能放棄十萬難民？”孫承宗與總督王象乾商議，王象乾認為駐紮關上的軍隊剛剛打了敗仗，士氣沮喪，不如調動插部護關的軍隊三千人前往寧遠，孫承宗同意後一方面調兵前往寧遠，一方面去救難民，救援失敗，十萬難民只救回六千人。
孫承宗對此詢問王在晉：“新城修築好以後，是不是要將舊城的兵馬移四萬人來駐守？”王在晉說：“應該另外設立一支四萬人的軍隊。”孫承宗說：“這樣一來，八裏鋪就有八萬兵了，可是一片石西北不派兵駐守嗎？在八裏鋪內修築重關，新城後面就是舊城，舊城前面埋的地雷是用來對付敵人的，還是用來對付自己新兵的？新城可以守的話，還用得著舊城嗎？新城要是不能守，四萬守兵倒戈，你是打算開關放敵人進來，還是閉關投降敵人？”王在晉說：“關外有三道關可以進入。”
孫承宗說：“如果這樣的話，敵人兵臨城下，士兵像先前那樣逃跑，哪裏還用得上重關？”王在晉說：“準備在山上建三座營寨，防止士兵潰逃。”孫承宗說：“士兵沒有潰敗就修築營寨等待他們，你這是在教士兵逃跑嗎？況且逃跑的士兵可以進來，敵人也可以尾隨他們進來。你現在不為恢覆做打算，卻在這閉關自守，把關外防線全部撤離，還天天在朝廷爭鬥，京都以東還有安寧之日嗎？”王在晉無話可說。孫承宗召集諸將商議關外防守的問題，袁崇煥主張守寧遠，閻鳴泰主張守覺華島，王在晉主張守中前所。孫承宗采用袁崇煥的建議，並親自鎮守關門，而後明熹宗在孫承宗的建議下，罷免了王在晉的遼東經略之職。
孫承宗自請為督師，還讓薊、遼等原來的將領監管各處，見機行事時不必受到其他人的限制。孫承宗用閻鳴泰為遼東巡撫，又用鹿善繼、王則古為讚畫，並請求從國庫帶走八十萬錢。熹宗同意，命他以原官督理關城及薊、遼、天津、登、萊各處事務，親自將孫承宗送出宮門，並賜給孫承宗尚方寶劍、坐蟒等，內閣大臣將孫承宗直送到崇文門外。
孫承宗上任後，讓江應詔制定軍事編制，讓袁崇煥建造營房，李秉誠訓練火器裝備，鹿善繼、王則古處理軍需物資，沈棨、杜應芳維修甲仗，孫元化修築炮臺，宋獻、程侖購買軍馬，萬有孚采伐樹木，祖大壽輔助金冠守覺華島，陳諫助趙率教守前屯，魯之甲拯救難民，楊應乾招募遼人編制成軍隊。
孫承宗發現先前關上的士兵沒有紀律，而且有大量的不符合條件的人冒領軍餉，於是閱兵後，將河南、真定等地不符合條件的士兵全部遣回。將魯之甲所拯救出的難民征召七千人出來去駐守前屯，楊應乾招募的遼人軍隊去鎮守寧遠，請求朝鮮聲援遼東，又犒賞東江鎮的毛文龍，讓他四面防衛。並傳令給沈有容進據廣鹿島。而後江應詔被彈劾，孫承宗請求讓馬世龍代替，並讓尤世祿、王世欽為南北帥，聽馬世龍調遣，熹宗聽從孫承宗的建議，並賜給馬世龍尚方寶劍。
登萊巡撫袁可立與孫承宗同為殿試同考官，孫承宗將遼海防務委之於袁可立，十分倚重，他說道：“讀後先大疏，皎皎揭日月，行中天而底裏洞徹，殊令人可味，可展布四體，仰酬國恩”。朝廷有人重山海輕沿海，甚至有人請求裁撤登萊巡撫，但孫承宗認為“恢遼全著，必資於海。”請求“皇上敕該部分部兩鎮汛地，酌給登鎮（沈有容）兵丁，敕登萊撫臣（袁可立）用心料理，仍令節制兩鎮，凡一應兵馬錢糧、徵收調遣、防剿功罪盡歸經理。”
熹宗經常派東廠的人到關門，然後將邊關的事情上報給朝廷，魏忠賢掌權後派遣自己的黨羽劉朝、胡良輔、紀用等四十五人帶著數萬武器裝備來到關門，供給邊關軍隊，又用白金十萬，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等銀幣賞賜將士，賜給孫承宗蟒服、白金等，表面上是慰勞軍隊，實際上是窺探軍情。孫承宗出關巡視寧遠，聽到這個消息立刻上書給熹宗，說不能讓宦官監軍，但熹宗卻回覆說這沒什麽，使者到邊關後，孫承宗只用茶水招待。
孫承宗推薦閻鳴泰當遼東巡撫以後，認為他沒有實際才能，所以軍事上的事很多都不跟他商議，閻鳴泰因此感到不高興，朝廷議論後，將閻鳴泰罷免，用張鳳翼接替，但張鳳翼膽小，又主張退守山海關。孫承宗對此感到不高興，出關巡視寧遠，召集眾將開會，多數將領都想退守山海關，馬世龍建議守中後所，袁崇煥等主張守寧遠。孫承宗采用袁崇煥的主張，於是讓祖大壽修建防禦工事，令袁崇煥、滿桂駐守寧遠。
孫承宗擔心自己的權利受到限制，上書說督師和總督不能同時設立，請求將自己罷免。熹宗於是終止總督的推選，令遼東巡撫移駐寧遠，張鳳翼覺得這是置自己於死地，與萬有孚等詆毀馬世龍。沒過多久，萬有孚被薊州巡撫岳和聲彈劾，張鳳翼於是稱馬世龍和袁崇煥陷害，捏造謊話欺瞞朝廷，試圖阻撓出關的計劃。給事中解學龍也大力陳說馬世龍的罪過，孫承宗非常生氣，上書說邊關的防守策略，說寧遠、覺華不能放棄，並為馬世龍辯解，又揭發萬有孚與張鳳翼等勾結的罪狀。
寧遠城修覆，關外的守備器械也已建造完畢，孫承宗上書請求發軍餉二十四萬，這樣就可以大舉進攻了，但兵部和工部卻橫加阻撓，向熹宗說不能給錢，孫承宗上書催促無果，孫承宗大軍因此沒有出征。
孫承宗坐鎮遼東的四年，與天津巡撫李邦華、登萊巡撫袁可立遙相呼應，“關門息警，中朝宴然，不覆以邊事為慮矣。”在這樣相對安定的大背景下，按照戰功來衡量，似乎孫承宗有些碌碌無為。然當時的兵部尚書王永光對孫承宗積極防禦的一番作為作過很中肯的評價：“兵家有雲，善戰者，無赫赫之功！”
兩年下來，孫閣老和袁軍門一直沒有發動大戰役的機會，而發動戰略總反攻把後金趕出去的機會又不成熟。但反過來說，孫閣老在無形中為朝廷省下了許多軍費，確保了山海關安然無恙，使明朝有了更多的機會養精蓄銳，充分顯示了天朝的不戰之威。”首輔孔貞運評價道：“公久歷海上，凡地形險易，軍儲盈縮，將吏能否，虜情向背皆洞若燭照，故登萊終公（袁可立）之任銷鋒臥鼓。”這也從另一方面肯定了孫承宗和袁可立積極防禦之功。令人惋惜的是，正當孫、袁二公積數年之力準備大有作為組織大反攻之時，閹黨已全面掌控局勢，逼迫袁可立和孫承宗先後去職。
孫承宗與袁可立是很好的搭檔，但從後來柳河之役的失敗來看，袁可立的離任對孫承宗的軍事行動有很大的影響。從戰爭結果看，袁可立的實戰能力更強，在登萊缺糧少援的弱勢狀態下，竟然能在數月內組合優勢兵力縱橫海上，戰線綿延上千裏，調度兩鎮兵馬多次奇兵突襲，以反間計策反後金女婿劉愛塔，連克金、覆、蓋三衛及旅順、紅嘴、望海、永寧等多堡要地，使後金數年間蜷縮一隅無以西窺。袁可立的登萊戰區竟然成為了明清戰爭史上唯一主動出擊叫戰的正面戰場，袁可立離任不久，孫承宗也因為柳河之敗離職了。
此時，魏忠賢企圖攬權，見到孫承宗功勞非常高，想要攀附，派劉應坤向孫承宗表明自己的意思，但孫承宗見到劉應坤之後與他一句話也不說，魏忠賢因此記恨孫承宗。魏忠賢迫害朝中大臣，將楊漣、趙南星、高攀龍等驅逐出京，孫承宗正在巡視薊州一帶，想到上反對奏書皇上未必會親自閱覽，以賀壽為由請求入朝面奏，借機彈劾魏忠賢。魏廣微聽說後，將這個消息告訴了魏忠賢，說孫承宗打算以清君側為由殺掉魏忠賢，魏忠賢跑到熹宗床前，哭著求情，顧秉謙也說沒有聖旨私自離開防守的地方，不合法度。
熹宗連夜召見兵部尚書，派三人騎快馬阻止孫承宗，魏忠賢又假傳聖旨給九門的宦官，若孫承宗到了齊化門，就將他綁了。孫承宗到達通州後，接到熹宗的旨意，只好返回遼東，魏忠賢又讓黨羽李蕃、崔呈秀、徐大化上書詆毀孫承宗，孫承宗請求罷官。
給事中郭興治請求朝中大臣討論孫承宗的去留問題，很多人都彈劾孫承宗說他冒領軍餉，而吏部尚書崔景榮支持孫承宗，熹宗下詔讓孫承宗繼續督師遼東，卻讓孫承宗精兵簡將，減少軍餉。而孫承宗剛剛派遣諸將分別駐守錦州、大小淩河、松山、杏山、石屯等地，擴張二百裏，將尤世祿、李秉誠等將罷免，裁剪軍隊一萬七千人，節省開支六十八萬。孫承宗利用自己穩紮穩打的策略逐漸向前推進，努爾哈赤懾於孫承宗的威力，竟然舍棄了新都城遼陽，北遷首都於沈陽。
這時，有人懷疑孫承宗的堡壘戰術過於勞民傷財，不可久持。兵科給事中李魯生言：“從古征戰未有陳師境上數年不進者，亦未有去敵既遠虛設十餘萬之眾坐食自困者，有之則守戍之眾而非進取之旅也。戰守機宜專決於外，臣何敢遙度。但戰則有戰法，秣馬厲兵，簡卒克乘，刻期舉事，即有大費，可期永省。守則有守法，遠斥堠，固營壘，高城深池，屯田積谷，以待事會。兵不須眾，馬不須多，庶堪持久。今以十四萬之眾，歲費六百萬，雖言唯敵是求，其實百事不辦，戰固未能，守亦羞稱，虛糜自弊而不虞其後，臣所為中夜仿徨，當食廢著也。樞輔當審時度勢，知彼量己。可戰則用戰法，可守則用守法。”
馬世龍誤信降人降將劉伯漒，派魯之甲、李承先襲取耀州，中計身死，損失四百餘人，是為柳河之役。魏忠賢黨羽趁機彈劾馬世龍和孫承宗，孫承宗強烈請求辭官，熹宗同意孫承宗辭官，並給孫承宗加特進光祿大夫，兒子世襲中書舍人，又賞賜蟒服、銀幣等，並派人保護孫承宗回家，而讓兵部尚書高第為遼東經略。沒過多久，喻安性也罷官，熹宗於是不再設立巡撫。
高第上任後，將兩百裏守兵全部撤回，退守山海關，而努爾哈赤得知孫承宗辭職後，率軍大舉進攻。袁崇煥抗拒高第的命令，不肯撤出寧遠城，與滿桂、祖大壽等依靠昔日與孫承宗做的軍事準備將後金軍擊退，取得寧遠大捷。而高第卻試圖以寧遠被圍，關門兵只有五萬的理由來彈劾孫承宗，孫承宗告訴戶部說：“高第到山海關時領了十一萬七千人的軍餉，現在只給五萬人的軍餉就可以了。”於是高第以妄言被治罪，魏忠賢也想陷害孫承宗，但也失敗。
孫承宗督師遼東四年，前後修覆九座大城，四十五座堡壘，招練兵馬十一萬，建立十二個車營、五個水營、兩個火器營，八個前鋒後勁營，制造甲胄、軍用器械、弓矢、炮石等打仗用的裝備有幾百萬，開疆擴土四百裏，屯田五千頃，年收入十五萬。熹宗記孫承宗大功，讓他的兒子世襲錦衣衛千戶。
朱由校駕崩，其弟明思宗朱由檢即位，王在晉得以入朝為兵部尚書。王在晉對孫承宗痛恨不已，堅持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞，敗壞了邊關事，又唆使諫官等交口詆毀孫承宗，來阻止他出來做官，極力詆毀孫承宗以及馬世龍，阻攔孫承宗的出仕。
後金大舉進攻，從大安口直取遵化，快要直逼都城，朝中大臣奏請朱由檢應該召來孫承宗。於是，朱由檢下詔仍以孫承宗原來的官職兼任兵部尚書去駐守通州，孫承宗入宮後，朱由檢在平臺召見，問孫承宗的退敵策略，孫承宗說：“我聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是防守的好策略。但又聽說尤世威回昌平，侯世祿駐守通州，有些不合時宜。”朱由檢問：“你打算守三河是什麽意思？”孫承宗說：“守三河可以阻止敵人西奔，遏制敵人南下。”朱由檢覺得孫承宗的計策很好，又問：“那又要怎麽保衛京都。”孫承宗說：“在危急的時刻，不能讓守城人忍受饑餓寒冷，整備好軍備，犒勞將士們，鞏固人心。”
孫承宗的計策朱由檢都覺得很好，對孫承宗說：“你可以不去通州，就在京城總督內外軍務，運籌帷幄。”於是，孫承宗讓首輔韓爌修築關防，又親自到都城各處巡防，第二天半夜，朱由檢突然傳旨讓孫承宗去守通州。孫承宗領二十七名騎兵出東便門，直奔通州，與保定巡撫解經傳、禦史方大任、總兵楊國棟固守通州。不久之後，後金軍繞道直逼京都，孫承宗派遣尤岱率領三千騎兵支援，派遣劉國柱率領二千兵馬與尤岱回合，調三千密雲兵駐守東直門，五千保定兵駐守廣寧門，又派人收覆馬蘭、三屯二城。
袁崇煥因一系列罪行被下獄，將領祖大壽在城外與後金軍作戰時，被自家軍隊用炮石砸擊，祖大壽進退兩難，與副將何可綱率領五千人往東潰走。孫承宗得知後，急忙派遣賈登科帶著自己的書信去撫慰祖大壽，又派石柱國撫慰其它將士，祖大壽卻不為所動。但孫承宗也認為袁崇煥有罪，但仍然上書朱由檢，力保祖大壽，說祖大壽不會真的反叛。孫承宗又派人讓祖大壽上奏章說明自己為什麽往東潰逃，祖大壽於是向皇帝朱由檢上書，朱由檢非常高興，不怪罪祖大壽。而遼東將士大多馬世龍部曲，朱由檢命孫承宗移鎮關門，潰逃的將領聽聞孫承宗與馬世龍到來，才安心回歸。
後金占據遵化、永平、遷安，又分兵攻取撫寧，撫寧是祖可法在守，後金軍攻取不下，又轉攻山海關，又攻不下，後金軍又攻撫寧及昌黎，可還是攻不下。而孫承宗撫慰潰軍，祖大壽等重歸於麾下，又有馬世龍及四方援軍，孫承宗又招募大量死士沿海守衛直達京師。
京都戒嚴後，全國各地來勤王的士兵多達二十萬，在薊門及京畿一帶駐紮，馬世龍建議孫承宗先收覆遵化，但孫承宗認為遵化在北，容易攻取卻很難守，不如收覆灤州。計劃好後，孫承宗令東西各營一起進兵，祖大壽、尤世祿等攻克灤州，王維城等攻克遷安，孫承宗占據永平，謝尚政攻克遵化，後金軍潰敗而走。皇帝朱由檢加封孫承宗為太傅，再賜蟒服、金幣等，子孫世襲錦衣衛指揮僉事。
孫承宗巡視松山、錦州等，上書朱由檢關內外政事，朱由檢全部采納，又加孫承宗太傅，兼領尚書的封路，子孫世襲尚寶司丞，又賞賜蟒服錢幣等。因先前高第盡撤寧錦防線，右屯、大淩河等城被毀，孫承宗派人對其進行重新修築，後金軍卻突然來圍攻，孫承宗趕赴錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援，而遼東巡撫邱禾嘉多次改變出師的日期，導致吳襄、宋偉在長山被後金軍打敗。祖大壽投降，大淩河剛被修好就被損毀，朝中大臣於是責怪孫承宗修覆舊城導致失敗，喪師辱國，孫承宗以病請辭，而後回家鄉高陽居住。
清軍大舉進攻，進攻高陽，賦閑在家的孫承宗率全城軍民守城，城破被擒，自縊而死，他的五個兒子，六個孫子，兩個侄子，八個侄孫戰死，孫家百餘人遇難，孫承宗時年七十六歲，朱由檢聞訊後哀傷悲嘆，命有關官員從優撫恤。
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