神州大地上，從神話時代流傳下來十種上古神器——鐘、劍、斧、壺、塔、琴、鼎、印、鏡、石。它們各自有著迥然不同的絕世力量。只要稍加利用即可縱橫四海，無敵天下。但它們的下落，已湮滅於神州漫長之亂世歷史中。
故事發生在隋朝年間。北朝隋文帝，在消滅了南朝陳國後，結束了中國長期之分裂南北朝時期。陳國遺民不甘國家就此滅亡，於公元六○一年，集結了大隊兵馬，起兵造反，意圖覆國。隋文帝隨即下令平定叛亂，然而讓陳國反抗軍驚異不已的是：隋朝的平亂部隊是由不到二十人組成的，為首的竟然是一位年僅十歲的少年！這位身披鬥篷的神秘少年，以一把神秘的“黃金之劍”，頃刻之間就將數萬陳國反抗軍馬消滅殆盡。神秘少年以天下無敵之黃金劍（軒轅劍）立下威名，自此令所有人聞之色變，再也沒人敢起兵反叛朝廷。
多年以後，陳靖仇奉師父之命，踏上尋找傳說中五樣上古神器旅途。陳靖仇是陳國後裔，在繈褓時代隋朝四處搜捕陳國遺族時，他的師父陳輔犧牲了自己的孫兒，冒險將陳靖仇替代救出。陳輔將自己覆國的願望，全落在幼小的陳靖仇身上。由於多年前歷經那場驚心動魄的戰爭，師父深知自己絕對無法勝過手持軒轅劍的神秘少年，所以決心改換方式，開始四處尋找傳說中能讓人獲得天下之的五樣上古神器──伏羲琴、神農鼎、崆峒印、昆侖鏡、女媧石，打算收齊它們，以它們的力量來覆興故國，《天之痕》的故事就此開始。